Emil Aaltonen hankki Andersbergin kartanon omistukseensa syksyllä 1917 ja samalla hän muutti sen nimen Ylikartanoksi. Aaltosen syyt suuren maatilan hankkimiselle olivat hyvin selkeät. Vuoden 1917 aikana kävi elintarviketarjonta Tampereella niin huonoksi että työväki ei tahtonut saada itselleen välttämättömimpiäkään tarvikkeita. Tässä tilanteessa Aaltonen näki välttämättömäksi jonkin suuren maatilan ostamisen.
Sisällissodan päätyttyä ja pahimman pulakauden alkaessa hellittää ei Aaltonen enää malttanutkaan luopua Ylikartanosta. Aaltosen ryhtyi omiensa sanojensa mukaan kokeilemaan Ylikartanossa maatalouden rationalisoimista. Aaltonen kehitti kartanosta suurtilan, jossa tuotettiin monipuolisesti erityyppisiä maatalouden tuotteita. Tuotantotavat olivat monipuolisia ja osittain kokeellisia. Sama innovatiivisuus, joka näkyi tehtaissa, ilmeni myös Ylikartanossa.
Varsinkin sikataloudesta muodostui yksi keskeisiä toimintamuotoja kartanolla. Aaltonen antoi purkaa Ylikartanon vanhan melko pienen sikalan ja rakennutti vuonna 1927 uuden komean kolmekerroksisen punatiilirakennuksen, jossa oli paikka 800 sialle ja 500 porsaalle.
Eräänlaisena huipentumana voidaan pitää kapearaiderautatien rakentamista kartanon alueelle. Aaltosen ajatuksena oli parantaa kartanon peltojen ravinteikkuutta tuottamalla pelloille sekä karjan lantaa että suomutaa Multasuolta. Tätä tarkoitusta varten hän rakennutti vuosien 1923-26 aikana yhteensä 4 kilometriä kapearaiderautatietä, jonka raideleveys oli 60 cm. Kuljetuksia vetämään tuotiin Tampereelta konepajayhtiö Lokomon valmistama höyryvoimalla kulkenut kapearaideveturi. Höyryveturin käytöstä luovuttiin kuitenkin melko nopeasti. Merkittävämpi vaikutus kartanon pelloille ja tuotannolle oli traktoreilla, joiden avulla peltojen kyntö, kylvö ja sadonkorjuu tehostuivat huomattavasti.
Vuoden 1945 toukokuussa astui voimaan maanhankintalaki, jonka turvin lunastettiin karjalaisevakoille maata asutettavaksi. Kaikkiaan kartanon mailta sai uuden alun elämälleen 1940-luvun toisella puoliskolla 142 tilallista, jolloin kartanon kokonaispinta-ala jäi 248 hehtaariin. Vuonna 1947 päättyi kartanon karjatalous monipäiväiseen huutokauppaan. Huutokaupassa myytiin myös paljon muuta irtainta omaisuutta. Ylikartanon pitkä historia suurmaatalouden harjoittajana oli tullut päätökseen. Tapahtuneen jälkeen Emil Aaltosen käynnit Ylikartanolla vähenivät, toki korkea ikäkin jo verotti voimia. Syyskuussa 1949 Ylikartano siirtyi Saimi ja Jooseppi Mustakallion haltuun. Saman vuoden joulukuussa Emil Aaltonen nukkui pois. Näin päättyi Ylikartanon ja Emil Aaltosen yhteinen taival.