Kuvataiteet ja maanviljely olivat etusijalla Emil Aaltosen harrastuksissa. Näiden lisäksi hän harrasti mm. tähtitiedettä.
Aaltonen keräsi oloissamme mittavan, 250 teosta käsittävän taidekokoelman, josta osa on nyt esillä Pyynikinlinnassa. Ensimmäiset taidehankinnat Aaltonen teki jo 1910-luvulla, mutta taidekokoelmasta voidaan puhua vasta parikymmentä vuotta myöhemmin. Pyynikinlinnankin ostamiseen vuonna 1932 lienee tärkeänä motiivina ollut hyvän ja paloturvallisen ympäristön luominen taidekokoelmalle.
Emil Aaltosen mielestä kasvava taloudellinen hyvinvointi on mahdollista vain siellä, missä kansallinen kulttuuri on korkealla tasolla. Sen vuoksi hän halusi lahjoittaa osan työnsä tuotosta suomalaisen kulttuurin tukemiseen.
Tamperelaisille Emil Aaltonen lahjoitti mm. peruspääoman kaupunginkirjaston rakentamista varten. Kirjastorakennuksen valmistuttua pystytettiin sen edustalle puistoon Emil Aaltosen varoin Wäinö Aaltosen veistämä Aleksis Kivi -patsas.
Suomalaisen tieteellisen työn tukemiseksi hän perusti Emil Aaltosen Säätiön vuonna 1937.
Turun Yliopisto sai tukea useampia kertoja. Erityisen merkittävä oli professori U.L. Lehtosen lähes 4500 nidettä käsittävän kirjaston ostaminen Turun Yliopiston kirjastolle.
Synnyinseutuaan Aaltonen muisti rakennuttamalla Metsäkansan kirkon. Lahjoituksilla hän tuki myös Korkeakosken ja Viialan kirkkojen rakentamista.